W roku święceń ojciec Jan spotkał karmelitankę Teresę z Avila, późniejszą Świętą i Doktor Kościoła, która rozpoczęła reformę Zakonu Karmelitanek. Ona to przekonała Jana o potrzebie zreformowania Zakonu Karmelitów, a przez to do powrotu do pierwotnej gorliwości. Pewien szlachcic ufundował klasztor w Duruelo i tam ojciec Jan przeniósł się wraz z dwoma zakonnikami, których pozyskał dla reformy. Wówczas zmienił swoje imię zakonne na: Jan od Krzyża. W swoim życiu zakonnym nasz Patron pełnił różne funkcje, mistrza nowicjatu, rektora kolegium, przeora w różnych domach zakonnych, wikariusza prowincji zakonnej, a swoją pracę apostolską zawsze łączył z intensywnym życiem modlitwy, co też zalecał osobom korzystającym z jego kierownictwa duchowego. Nie wszyscy karmelici chcieli reformy. Z tego powodu Jan od Krzyża wiele wycierpiał, przez dziewięć miesięcy przebywał w więzieniu zakonnym, gdzie był skazany na głód i chłostę. Nie zrezygnował ze swojego dzieła. Po ucieczce z więzienia zakładał dalsze klasztory według nowej reguły. Powstawały też nowe prowincje w Hiszpanii i poza jej granicami, a zakonnicy żyjący według nowej reguły zwali się karmelitami bosymi w odróżnieniu od karmelitów dotychczasowej reguły zwanych trzewiczkowymi.
Bóg obdarzył wiernego swojego sługę przeżyciami mistycznymi. H. Fros tak pisze o nim: „I znów wielki miłośnik krzyża, ekstatycznie weń wpatrzony, cały rozmodlony, zdolny dlatego do poświęceń i aktów ujmującej pokory (...). To św. Jan od Krzyża, wielki mistyk, a zarazem reformator. On to wespół ze św. Teresą z Avila był odnowicielem zakonu karmelitańskiego, którego stał się niezaprzeczalną chlubą i nauczycielem. Jest też chlubą całego Kościoła”. Jeden z tych, który znał Świętego, tak go scharakteryzował: „Był wzrostu średniego, o wyrazie twarzy nieco śniadej, miłych rysach. Jego rozmowa i obejście było uduchowione (...) Wywierał ogromne wrażenie, tak że wszyscy, którzy zbliżali się do niego, odchodzili zbudowani i zachęceni do cnoty. Posiadał wiedzę i głębokie doświadczenie w sprawach modlitwy i obcowania z Bogiem (...) Był rozmiłowany w skupieniu i powściągliwy w mowie. Śmiał się rzadko i z wielkim umiarem. Kiedy karcił jako przełożony, a czynił to często, z miłą surowością i napominając jak miłujący ojciec z przedziwną pogodą i powagą” (W. Zaleski).
Reformator zakonu karmelitańskiego pozostawił po sobie wielkie dzieła mistyczne, jak: Wejście na Górę Karmel, Noc ciemną, Pieśń duchowną, Żywy płomień miłości, także cały szereg listów, poematów i innych pism. Stał się przez swoją twórczość klasykiem literatury hiszpańskiej, „jeszcze bardziej jednak stał się jednym z najbardziej płodnych i wzniosłych twórców chrześcijańskiej literatury mistycznej” (H. Fros). Jan od Krzyża miał też wybitne zdolności plastyczne. Potrafił poprzez rysunek pokazać poglądowo niezwykle skomplikowane drogi mistyki.
Jan od Krzyża, osamotniony, pełen zasług i świętości odszedł do Pana w wieku lat 49 w Ubedzie, 14 grudnia 1591 r., zapowiadając, że już jutro brewiarzową Jutrznię będzie śpiewał w niebie razem z Matką Bożą. Beatyfikacja naszego Patrona nastąpiła w roku 1675 za pontyfikatu papieża Klemensa X, natomiast kanonizował go w roku 1726 papież Benedykt XIII. Ojciec Święty Pius X ogłosił św. Jana od Krzyża Doktorem Kościoła w roku 1926, nazywając go „nauczycielem świętości i pobożności” (E. Gorys). Relikwie św. Jana od Krzyża spoczywają w Kościele Karmelitów w Segowii.
W ikonografii św. Jan od Krzyża występuje jako karmelita w brązowym habicie i w kapturze oraz w białym płaszczu (czasami razem ze św. Teresą z Avila); z piórem i księgą; u jego stóp orzeł trzyma w dziobie pióro do pisania. Do innych atrybutów należą: krucyfiks, który trzyma św. Jan od Krzyża, gołębica, lilia, kajdany, jego pisma (E. Gorys, B. Krasucka).
Liturgiczny obchód ku czci św. Jana od Krzyża, kapłana i doktora Kościoła przypada na dzień jego narodzin dla nieba, czyli 14 grudnia i ma rangę wspomnienia obowiązkowego. Święty Jan od Krzyża jest patronem swojego zakonu.
